با ایجاد مناطق ویژه اقتصادی بندری از سال 1375 و تعیین سازمان بنادر و دریانوردی به عنوان سازمان مسئول این مناطق، اعمال امور حاکمیتی و تصدیگری دولتی بر اساس ماده 24 قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی به این سازمان تفویض گردید. سازمان بنادر و دریانوردی در این مناطق مسئولیت نظارت کامل بر حسن اجرای قوانین و مقررات را به منظور تسهیل و تسریع درکلیه فرآیندها با هدف پشتیبانی و توسعه فعالیتهای بازرگانی، لجستیکی، تولید و پردازش کالا همراه با ارزش افزوده و ایجاد بسترهای جذاب پذیرش سرمایه گذاری داخلی و خارجی با رویکرد افزایش توان عملیاتی بنادر، در مناطق ویژه اقتصادی بنادر شهید رجایی، امام خمینی (ره)، بوشهر، نوشهر، امیرآباد و آستارا و مناطق آزاد بندری در بنادر چابهار، انزلی،خرمشهر و آبادان را عهده دار می باشد.
سوخت رسانی و خدمات فرودگاهی اوج : خرید و نصب سیستم های نظارت تصویری سایت ۳۴ شهر فرودگاهی امام خمینی
مهندسی و ساخت تاسیسات دریایی ایران : جهت اجاره شناور لنگرانداز (AHT) برای شناورسی مستر در پروژه لوله گذاری ایلام ابوذر
خدمات دریایی هدایت کشتی خلیج فارس : اجاره یک فروند یدک کش بالای 1500 اسب بخار به صورت BARE BOAT
احداث تاسیسات سوختگیری هواپیمایی کلاله به روش EPC واقع در استان گلستان
فراخوان ارزیابی کیفی مناقصه عمومی دو مرحله ای احداث تاسیسات سوختگیری هواپیمایی شهرستان کلاله به روش EPC
حداث تأسیسات سوختگیری هواپیمایی کلاله به روش EPC
مرمت برج مراقبت فرودگاه شهید امید بخش
احداث تأسیسات سوختگیری هواپیمایی کلاله به روش EPC واقع در استان گلستان ، فرودگاه شهرستان کلاله
مناقصه عمومی یک مرحله ای خرید 12 دستگاه VHF جهت برج های کنترل بنادر استان بوشهر
تامین System TotalFlooding
مناقصه عمومی همزمان با ارزیابی (یکپارچه) دو مرحله ای تامین اقلام یدکی دوسالانه integrated plant control system فاز 14 پارس جنوبی
انتخاب پیمانکار لوله کشی سازه در حال ساخت دو ۲ فروند شناور کروبوت
پروژه بهسازی عوامل پروازی فرودگاه
اجاره ۴ فروند شناور یدک کش با سیستم رانش ASD
خرید ۱۲ دستگاه VHF جهت برجهای کنترل بنادر
پروژه بهسازی عوامل پروازی فرودگاه
فرودگاه ها و ناوبری هوایی ایران : بهسازی عوامل پروازی فرودگاه
خدمات نگهداری و تعمیرات تجهیزات صنعتی
راهبری نگهداری و تعمیرات تجهیزات مقابله و پاکسازی آلودگی آب دریا