با ایجاد مناطق ویژه اقتصادی بندری از سال 1375 و تعیین سازمان بنادر و دریانوردی به عنوان سازمان مسئول این مناطق، اعمال امور حاکمیتی و تصدیگری دولتی بر اساس ماده 24 قانون تشکیل و اداره مناطق ویژه اقتصادی به این سازمان تفویض گردید. سازمان بنادر و دریانوردی در این مناطق مسئولیت نظارت کامل بر حسن اجرای قوانین و مقررات را به منظور تسهیل و تسریع درکلیه فرآیندها با هدف پشتیبانی و توسعه فعالیتهای بازرگانی، لجستیکی، تولید و پردازش کالا همراه با ارزش افزوده و ایجاد بسترهای جذاب پذیرش سرمایه گذاری داخلی و خارجی با رویکرد افزایش توان عملیاتی بنادر، در مناطق ویژه اقتصادی بنادر شهید رجایی، امام خمینی (ره)، بوشهر، نوشهر، امیرآباد و آستارا و مناطق آزاد بندری در بنادر چابهار، انزلی،خرمشهر و آبادان را عهده دار می باشد.
سوخت رسانی و خدمات فرودگاهی اوج : خرید و نصب سیستم های نظارت تصویری سایت ۳۴ شهر فرودگاهی امام خمینی
مهندسی و ساخت تاسیسات دریایی ایران : جهت اجاره شناور لنگرانداز (AHT) برای شناورسی مستر در پروژه لوله گذاری ایلام ابوذر
خدمات دریایی هدایت کشتی خلیج فارس : اجاره یک فروند یدک کش بالای 1500 اسب بخار به صورت BARE BOAT
تعمیرات اساسی مامور سرا و صدور مجوز
تعمیرات اساسی سایت مرکزی
تامین ( اجاره ) یک فروند شناور یدک کش جهت حمل محمولات دریایی بین بوشهر ، خارگ و بالعکس و سایر جزایر و بنادر خلیج فارس و دریای عمان آگهی مناقصه م.ع.پ/009/1404
فراخوان ارزیابی کیفی مناقصه شماره م.ع.پ/1404/009/ تامین ( اجاره ) یک فروند شناور یدک کش جهت حمل محمولات دریایی بین بوشهر ، خارگ و بالعکس و سایر جزایر
سرویس نگهداری تعمیرات جاری و اساسی تجهیزات خشکی
سرویس نگهداری تعمیرات جاری و اساسی تجهیزات خشکی
اجاره ( شناور کشتی ) AHTS با سال ساخت ۲۰۰۵۰۲۰۱۰
اجاره شناور ( کشتی ) ASD با سال ساخت ۲۰۱۱ به بالا
اجاره شناور ( کشتی ) ASD با سال ساخت ۲۰۰۰۰۲۰۰۵
اجاره شناور ( کشتی ) ASD با سال ساخت ۲۰۱۰-۲۰۰۶
تعمیرات اساسی مامور سرا و صدور مجوز
اجاره شناور (کشتی) AHTS با سال ساخت ۲۰۱۰-۲۰۰۵
اجاره شناور (کشتی) ASD با سال ساخت ۲۰۱۱ به بالا
اجاره شناور (کشتی) ASD با سال ساخت ۲۰۰۵-۲۰۰۰
اجاره شناور ( کشتی ) ASD با سال ساخت ۲۰۱۰-۲۰۰۶
فراخوان ارزیابی کیفی بندر شیرینو